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- 305-0047 茨城県つくば市千現1-2-1 [アクセス]
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研究内容
- Keywords
Parallel programing of software、HPC (High-Performacne Computing)、Molecular dynamics calculations、Fast multipole method (FMM)、Self assemblies of biomolecules
出版物2004年以降のNIMS所属における研究成果や出版物を表示しています。
論文
- Yoshimichi Andoh, Shiho Hayakawa, Susumu Okazaki. Molecular dynamics study of lipid bilayers modeling outer and inner leaflets of plasma membranes of mouse hepatocytes. I. Differences in physicochemical properties between the two leaflets. The Journal of Chemical Physics. 153 [3] (2020) 035105 10.1063/5.0012676
- Yoshimichi Andoh, Noriyuki Yoshii, Susumu Okazaki. Extension of the fast multipole method for the rectangular cells with an anisotropic partition tree structure. Journal of Computational Chemistry. 41 [14] (2020) 1353-1367 10.1002/jcc.26180
- Noriyuki Yoshii, Yoshimichi Andoh, Susumu Okazaki. Fast multipole method for three‐dimensional systems with periodic boundary condition in two directions. Journal of Computational Chemistry. 41 [9] (2020) 940-948 10.1002/jcc.26141
会議録
- Satoshi Ohshima, Soichiro Suzuki, Tatsuya Sakashita, Masao Ogino, Takahiro Katagiri, Yoshimichi Andoh. Performance Evaluation of the MODYLAS Application on Modern Multi-core and Many-Core Environments. . 2019
口頭発表
- 安藤 嘉倫. OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化II:gemmコードとの性能比較. 第35回分子シミュレーション討論会. 2021
- 安藤 嘉倫. OpenMP SIMD ディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化. 第34回分子シミュレーション討論会. 2020
- ANDOH, Yoshimichi. Large-scale molecular dynamics simulations of biomolecular assemblies. Frontiers of Computational Physics from meV to MeV. 2020
所属学会
The Molecular Simulation Society of Japan (分子シミュレーション学会), Japan Society for Molecular Science (分子科学会)
受賞履歴
- 分子シミュレーション研究会(現・分子シミュレーション学会)学術賞 (2017)
外部資金獲得履歴
- 機械学習ポテンシャル導入による古典分子動力学計算の飛躍的大規模化のための基礎研究(科研費基盤C) (2022)
- 分子動力学計算ソフトウェアMODYLASのストロングスケーラビリティ向上のための演算および通信性能最適化(JHPCN課題) (2018)
- 分子動力学計算ソフトウェアMODYLASの大規模メニーコア・ワイドSIMDクラスター対応並列化に関する研究(JHPCN課題) (2017)
- 分子動力学計算ソフトウェアMODYLASのメニーコアおよびワイドSIMDアーキテクチャ対応並列化に関する研究(JHPCN課題) (2016)
- 非対称な脂質組成をもった脂質二重層膜物性の解明(科研費若手B) (2016)
- 分子動力学計算ソフトウェアMODYLASのメニーコアアーキテクチャ対応並列化に関する研究(JHPCN課題) (2015)